Ο Στρατής Παπαϊωάννου ασχολείται με την βυζαντινή λογοτεχνία, σε όλες της τις εκφάνσεις. Έχει δημοσιεύσει μια μονογραφία για τον Μιχαήλ Ψελλό (Michael Psellos: Rhetoric and Authorship in Byzantium. Cambridge University Press 2013· ετοιμάζεται ελληνική μετάφραση για τις Πανεπιστημιακές Εκδόσεις Κρήτης) καθώς και μια συλλογή κειμένων του ίδιου συγγραφέα με θέμα την θεωρία της λογοτεχνίας και της τέχνης (σε συνεργασία με τον Charles Barber· Notre Dame University Press 2017)· το 2019 θα κυκλοφορήσει και η κριτική έκδοση των επιστολών του Ψελλού (δύο τόμοι, Degruyter). Έχει επίσης δημοσιεύσει μια κριτική έκδοση και αγγλική μετάφραση, με εισαγωγή και σχόλια, έξι κειμένων από το Μηνολόγιο του Συμεών Μεταφραστή (Harvard University Press 2017), ενώ σύντομα πρόκειται να κυκλοφορήσει και ένα εγχειρίδιό του για τη βυζαντινή λογοτεχνία (Oxford University Press). Ο Παπαϊωάννου σπούδασε ελληνική φιλολογία στο Πανεπιστήμιο Αθηνών (1995) και βυζαντινές σπουδές στο Πανεπιστήμιο της Βιέννης (2000), και δίδαξε στο Catholic University of America (2000-2005), στο πανεπιστήμιο Brown (2006-2018), και, ως επισκέπτης καθηγητής, στην École des Hautes Études en Sciences Sociales στο Παρίσι και στην Αμερικανική Σχολή Κλασικών Σπουδών στην Αθήνα. Το 2018 έλαβε την Υποτροφία Γκούγκενχαϊμ Ανθρωπιστικών επιστημών.