Στο Τμήμα Φιλολογίας του Πανεπιστημίου Κρήτης λειτουργούν τα Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών:

• ΠΜΣ «Κλασικές Σπουδές»
• ΠΜΣ «Βυζαντινή και Νεοελληνική Φιλολογία»
• ΠΜΣ «Γλωσσολογία»
• ΔΠΜΣ «Θεατρικές και Κινηματογραφικές Σπουδές» (σε διιδρυματική συνεργασία με το Ινστιτούτο Μεσογειακών Σπουδών του Ιδρύματος Τεχνολογίας και Έρευνας).

Η φοίτηση στα Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών του Τμήματος Φιλολογίας είναι απολύτως δωρεάν.

Το 30% τουλάχιστον των προϋπολογιζόμενων εσόδων των Π.Μ.Σ. διατίθεται στην χορήγηση αμοιβών ερευνητικού-επιστημονικού έργου και υποτροφιών σε μεταπτυχιακούς φοιτητές. Eπίσης, παρέχεται στους μεταπτυχιακούς φοιτητές η δυνατότητα συμμετοχής σε ερευνητικά προγράμματα